Sytuacją budzącą szczególne obawy w związku z możliwością zatoru płucnego jest lot samolotem, który wiąże się z długotrwałym przebywaniem w pozycji siedzącej. Dla osób długotrwale podróżujących samolotem zaleca się noszenie luźnych, nieuciskających ubrań, picie dużej ilości napojów bezalkoholowych, częste napinanie mięśni łydek w trakcie lotu oraz unikanie spania w pozycji siedzącej. W przypadku podróży trwającej ponad 8 godzin lekarz w zależności od ryzyka może zalecić założenie podkolanówek uciskowych lub wstrzyknięcie profilaktycznej dawki heparyny drobnocząsteczkowej. Podobne zasady można stosować w długotrwałych podróżach pozostałymi środkami transportu.